Wie der Name sagt, hat auch die Basler Fasnacht ihren Ursprung in der Fastenzeit vor Ostern, die jeweils am Aschermittwoch begann und 40 Tage dauerte. Vor deren Beginn sollte noch einmal richtig gefeiert werden, denn der Genuss von Alkohol war während dieser rund sechs Wochen kirchlich untersagt. Der Beginn dieser Fastenzeit war damals festgelegt auf den Dienstag nach Aschermittwoch (was 40 Tagen bis Ostersonntag entspricht, Sonntage ausgenommen), 1091 wurde aber beschlossen, ihn auf den Aschermittwoch zu verlegen, weil an Sonntagen nicht gefastet wurde und sie daher nicht mitzählten. Die Region Basel interessierte das allerdings nicht, und die Fastenzeit begann weiterhin am alten Termin. So kam es, dass bei uns auch heute noch die "Fastnacht", die Nacht vor Beginn der Fastenzeit, später stattfindet als anderswo.
Doch nicht allein kirchlichen Ursprungs ist die Fasnacht; sie geht auch auf heidnisches Brauchtum zurück. So liegt die Austreibung des Winters oder die Beschwörung der Fruchtbarkeit nahe. Festlichkeiten dieser Art sind in Basel seit dem 14. Jahrhundert nachweisbar, wobei auch von Verkleidungen die Rede ist. Auch für die Zünfte und Gesellschaften war diese Zeit wichtig, sie veranstalteten in ihren Häusern glanzvolle Festessen.
Nach den Reformationswirren 1529 und die damit verbundene Distanzierung vom Katholizismus fiel auch die Fastenpflicht weg. Die Fasnacht sollte in den folgenden Jahrhunderten mehrmals von Anhängern der Reformation als ein Überbleibsel päpstlicher Zeiten abgeschafft werden, was nicht gelang. Aber die Verbote veranlassten die Bürger dazu, das fasnächtliche Treiben zunehmend in geschlossene Kreise zurück zu ziehen. Zu den traditionellen Zunftfeiern gesellten sich nun militärische Musterungen, denn diese fielen in den Aufgabenbereich der Zünfte. Durch Umzüge der wehrpflichtigen Mannschaft gelangte das berühmte Trommeln und Pfeifen in die fasnächtliche Tradition, und die Musterungen neigten dazu, mit der Zeit in fasnächtliches Treiben auszuufern. Verbotene Umzüge von Zünften und (Vorstadt)Gesellschaften kamen auf, die von den Symbolgestalten der Vereine begleitet wurden (der Vogel Gryff ist noch ein Zeuge jener Zeit). Verkleidete Bürger schlossen sich den Umzügen an und trieben Schabernack, und auch ausserhalb der Umzüge wucherte jetzt das fasnächtliche Treiben. Auch erneute Verbote vermochten das nicht zu unterbinden.
Die Helvetik 1798 brachte ein neuerliches Verbot der Fasnacht, aber nicht wegen der Sorgen um Sittenzerfall, sondern wegen der Furcht, sie könne der Kritik am politischen System den Weg öffnen. Die Fasnacht kehrte daraufhin zwar wieder zurück, wurde aber 1807 erneut verboten, diesmal jedoch auf Drängen der Geistlichkeit. Wie auch vorher war dieses Verbot nicht von langer Wirksamkeit, und der Brauchtum konnte nicht vom Volk ferngehalten werden. Die Strassenfasnacht kam jetzt anfangs des 19. Jahrhunderts auf und nahm frühe Formen der heutigen Fasnacht an; auch der Morgenstreich gehörte dazu. Die populäre Kunst des Schnitzelbankgesangs verschaffte sich von Norden her kommend (Bänkelsänger) Zugang zur Fasnacht. 1845 sind erstmals Laternen zur Beleuchtung am Morgenstreich belegt; sie ersetzten aus Sicherheitsgründen die vorher üblichen Fackeln und gehören seither aufgrund ihrer karikierenden Bemalungen und ihrer bissigen Sprüche zu den wesentlichen Bestandteilen der Basler Fasnacht.
Ab den 1870er Jahren kamen erste musizierende Cliquen auf, die sich zu der Zeit allerdings noch Fasnachtsgesellschaften nannten und Männer eigens für eine Fasnacht vereinigten. Erst später entstanden Cliquen, die über mehrere Jahre bestanden. Die älteste noch existierende Clique ist die 1884 gegründete VKB, 1896 die Breo, 1902 der Barbara-Club und die Lälli, 1905 die Spezi, 1907 die BMG und 1908 die Olympia. DIe Cliquen pflegten seit jeher besonders das Trommeln und Pfeifen, was der Fasnacht ihren ganz eigenen Charakter verleiht. In die Kunst des Trommelns flossen französische Einflüsse im 19. Jahrhundert mit ein, aber auch andere. So erkennt man im sehr beliebten Marsch "Arabi" den "British Grenadier", den Marsch der Gardegrenadiere.
Seit der Mitte des 19. Jahrhunderts gab es zwei Vereine, die sich für die Organisation der Fasnacht verantwortlich zeigten. im Grossbasel war dies das "Quodlibet" und im Kleinbasel das "Wurzengraber-Kämmerli". Sie förderten das musikalische Treiben an der Fasnacht und riefen unter anderem das grosse Trommelkonzert ins Leben (1906), das später als "Monstre" in die Geschichte einging und auch heute ein sehr wesentlicher Anlass der Vorfasnacht ist. Da die Fasnacht immer grössere Ausmasse annahm, gab es ab 1911 das Fasnachts-Comité, und mit ihm die Fasnachtsplakette, die damals noch fünfzig Rappen kostete. Der halbe Ertrag aus dem Verkauf kam dem dem Comité zu, der Rest floss in die Ferienversorgung armer Kinder. Auch 1911 kam ein gedruckter Fasnachtsführer heraus (ab 1949 "Rädäbäng").