Am 15. Februar 1354 gewährte Bischof Johann Senn von Münsingen den Schiffleuten und Fischern von Basel die Errichtung einer Zunft. Diese Zunft war eine gespaltene Korporation, die von einem gemeinsamen Meister nach aussen vertreten wurde, im Übrigen aber in zwei Schwesternzünfte aufgeteilt war, die eigene Häuser besassen und ihre Geschäfte selbstständig führten. Die rauen Schiffer und die Fischer vertrugen sich schlecht; sie bereiteten auch der Obrigkeit durch grobes, steckköpfiges Benehmen viel Ärger, und Erasmus von Rotterdam schrieb in einem Anflug von Verständnis: "Wie ein Affe immer ein Affe bleibt, so sind Schiffsleute immer Schiffsleute". Wenn es nicht gerade Streitigkeiten waren, die die praktische Berufsausübung betrafen, so waren es Zwiste um das Zunftbanner. Denn die Schiffleute wollten im oberen Teil einen Anker und im unteren einen Fisch, während die Fischer auf zwei gekreuzte Stachel drängten. Um der Angelegenheit ein Ende zu bereiten, beschloss der Rat 1422, dass im Wappen künftig auf viergeteiltem Feld zwei Anker und zwei Fische geführt werden sollen.
Im Jahre 1402 war es den Schiffleuten erlaubt, ein Zunfthaus zu bauen. Sie richteten es direkt am Rhein auf, bei der Brücke am Einfluss des Birsigs. Hier stiessen sie ihre schweren, langen Lastkräne, die bis zu 1'500 Zentner trugen, in den wilden Strom und steuerten ihre kostbaren Frachten hinunter nach Strassburg, Mannheim, Köln und zur Nordsee. Schon nach wenigen Jahren, im Jahre 1424, umbrandete ein reissendes Hochwasser das Zunfthaus der Schiffer: "Der Rin wasz so grosz, das man in der Schifflüten Stuben in den Venstren zuo Schiff gieng." 1533 ergriff ein Feuer die Liegenschaft und brannte sie, "leyder Gott erbarms", bis auf den Grund nieder, ohne das Stadtwächter und Zunftgenossen wirksame Hilfe hätten bringen können. Für den Wiederaufbau des Zunfthauses reichte der Zunftsäckel nicht aus, deshalb wurde beim Domstift und bei der Stadt ein Anleihen aufgenommen, den Rest übernahmen 15 Schiffermeister. 1818 mussten für dringende Bauarbeiten Fr. 2'000,- flüssig gemacht werden. Diesen Betrag vorzuschiessen versprach kein Geringerer als Exkönig Gustav IV. Adolf von Schweden, der sich nach seiner durch unkluges diplomatisches Geschick gegenüber Napoleon provozierten gewaltsamen Absetzung unter dem Namen Oberst Gustafsson zeitweilig in Basel aufhielt. Als der Zunftvorstand sich aber nicht entscheiden konnte, Ihre Majestät als vollwertiges Mitglied aufzunehmen, weil der Schifferberuf nicht ordnungsgemäss gelernt worden und deshalb die Ausrüstung von Schiffen nicht möglich sei, nahm der brüskierte Gustafsson von seinem grosszügigen Anerbieten Abstand.
1838 verkauften die Schiffleute im Hinblick auf die bevorstehende Verbreiterung der Eisengasse ihr Zunfthaus für Fr. 15'000,- dem Staat, der es dann auch wenig später niederreissen liess. 42 Zunftgenossen versammelten sich am 29. September zur letzten Mahlzeit, einem Spanferkelschmaus, auf ihrer Stube an der Schifflände und bekräftigten in trauter Brüderlichkeit die Losung aus der Schifferordnung von 1430: Der Arme soll mit dem Reichen und der Unmögende und Kranke mit dem Starken seine Nahrung finden und einnehmen.